Skull & Bones được thành lập vào năm 1832 sau một cuộc tranh cãi về cuộc bầu cử giữa các hội sinh viên tranh luận tại trường Đại học Yale là Linonia Society, Brothers in Unity và Calliopean Society với Phi Beta Kappa (ΦΒΚ) của mùa giải.[5][6] Vào thời điểm đó, các tổ chức huynh đệ kín tiếng như Masons đang thịnh hành ở Hoa Kỳ, sự nổi tiếng và quyền lực đã tạo ra phản ứng dữ dội giữa những người phẫn nộ với chủ nghĩa tinh hoa tại trường. Sự chống đối với hội Mason phát triển mạnh mẽ đến mức Phi Beta Kappa, là hiệp hội danh dự học thuật quốc gia đã bị xa lánh bằng cách từ bỏ lời thề giữ bí mật của chính họ. Bị xúc phạm như vậy, William Huntington Russell đã quyết định đáp trả bằng cách thành lập một hội bí mật hơn.

Russell và người bạn của ông là Alphonso Taft (bố của William Howard Taft) đồng sáng lập ra hội nhóm ban đầu với tên "Câu lạc bộ Eulogian". Các nguồn tin phỏng đoán rằng Russell được truyền cảm hứng từ một hội huyền bí mà ông đã đến thăm ở Đức. Quay trở lại trường, ông sử dụng tổ chức này, trong đó giữ kín bí mật là điều tối kị quan trọng như một bản thiết kế cho riêng ông.

Các thành viên cao cấp đầu tiên bao gồm Russell, Taft và mười hai thành viên khác.[7] Câu lạc bộ cũng có các tên gọi khác như "Order of the Skull & Bones", "The Order", "Order 322" và "Hội Anh em Tử thần".[8]

Nguồn quỹ của hội nhóm và việc giám sát các thành viên được quản lý bởi tổ chức doanh nghiệp là Hiệp hội Tín thác Russell (Russell Trust Association - RTA) chính là cựu sinh viên Russell được thành lập vào năm 1856, và cái tên "Bones" được gán cho tổ chức quỹ này.[5] Doanh nghiệp được thành lập bởi William Huntington Russell và Daniel Coit Gilman là một thành viên của hội nhóm.

Lần đầu tiên câu chuyện về hội nhóm bí mật Skull & Bones được xuất bản năm 1871 bởi tác giả Lyman Bagg mô tả, trong cuốn sách Bốn năm tại Yale của ông lưu ý rằng:

"bí ẩn hiện đang tồn tại, sự tồn tại của nó tạo thành một bí ẩn lớn mà những câu chuyện phiếm ở trường đại học để thảo luận mà không bao giờ cảm thấy mệt mỏi".[9][10]

Brooks Mather Kelley thì cho rằng mối quan tâm đến các xã hội cấp cao của Yale là do các thành viên lớp dưới của sinh viên năm nhất, năm hai và các hội nhóm thuộc lớp cơ sở trở lại trường vào những năm tiếp theo có thể chia sẻ thông tin về các nghi lễ xã hội; trong khi những sinh viên năm cuối tốt nghiệp với kiến ​​thức của họ về như vậy, ít nhất là một bước đi để ra khỏi cuộc sống trong khuôn viên trường.[11] Hội nhóm này lựa chọn các thành viên mới trong số các sinh viên vào mỗi mùa xuân, như một phần của "Tap Day" tại Đại học Yale, và họ đã làm như vậy kể từ năm 1879.[3]

Bonesman William F. Buckley dẫn đầu một nhóm đã kiện để ngăn chặn việc tiếp nhận phụ nữ vào hội vào năm 1991. Mặc dù những nam sinh gốc Phi được nhận vào hội từ năm 1965, RTA vẫn kiên quyết phản đối vụ việc. Sau khi lớp năm 1991 khai thác bảy phụ nữ cho lớp 1992, RTA bắt đầu thay đổi ổ khóa trên "Lăng mộ". Các thành viên sau đó đã bỏ phiếu qua thư, 368-320 để cho phép nữ giới tham gia. Nhưng sau đó Buckley và nhóm của ông nhận được lệnh cấm tạm thời chống lại hành động này. Vụ kiện cuối cùng đã đổ bể và những nữ sinh đầu tiên được tham gia vào năm 1992.[12]

Kể từ khi xã hội bao gồm phụ nữ vào đầu những năm 1990, Skull & Bones lựa chọn mười lăm nam sinh và nữ sinh thuộc lớp cơ sở tham gia vào tổ chức. Các cựu thành viên sẽ "khai thác" những người mà họ coi là thuộc quyền lãnh đạo trường và những nhân vật đáng chú ý khác cho tư cách thành viên của họ. Hội kín giám sát việc tuân thủ truyền thống và thực hiện các thay đổi đối với các quy chế. Các "tộc trưởng" thỉnh thoảng hỗ trợ tuyển dụng thành viên mới và hơn hết là hình thành một mạng lưới những người có ảnh hưởng. Skull & Bones hiện có khoảng 800 thành viên còn sống.[1]

Vào năm 2015, trên trang Business Insider báo cáo rằng trong tổng số 41 hội sinh viên thuộc Đại học Yale, thì Skull & Bones được xếp hạng thứ năm theo tổng tài sản với 4,129,936 đô la Mỹ.[13][14] Hội nhóm này có lượng của cải đáng kể, phần lớn thu được thông qua các khoản tài trợ ban đầu và đã được duy trì thông qua các khoản quyên góp tự nguyện từ các thành viên.